Bei einer Magenspiegelung wird unter Sicht ein biegsamer Schlauch über den Mund, die Speiseröhre und den Magen bis in den oberen Dünndarm eingeführt. Da dieser Schlauch natürlicherweise einen Würgereiz auslösen kann, erfolgt diese Untersuchung meist in Sedierung, d.h. der Patient schläft während der Untersuchung und erfährt keine weitere Beeinträchtigung.
Unter Insufflation von CO2-Gas entfalten sich die untersuchten Organe und die Schleimhaut kann so beurteilt werden. In dieser Untersuchung können über einen Arbeitskanal Gewebeproben entnommen und zur weiteren Beurteilung an einen Pathologen versandt werden. Diese Probenentnahme ist schmerzlos.